Thanh tra, kiểm tra thuế là hoạt động thường xuyên của cơ quan quản lý nhằm đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế, kế toán của doanh nghiệp. Tuy nhiên, với nhiều kế toán và chủ doanh nghiệp, đây vẫn là giai đoạn dễ phát sinh áp lực bởi chỉ một sai sót nhỏ trong hồ sơ, hóa đơn hay kê khai thuế cũng có thể dẫn đến truy thu, xử phạt hoặc phát sinh rủi ro pháp lý.
Trong bối cảnh chính sách thuế liên tục thay đổi từ năm 2025, doanh nghiệp cần chủ động rà soát hồ sơ, cập nhật quy định mới và trang bị kỹ năng làm việc với đoàn thanh tra, kiểm tra thuế để hạn chế tối đa sai sót và giảm thiểu rủi ro trong quá trình quyết toán thuế.
Những sai sót thường gặp khi thanh kiểm tra thuế doanh nghiệp
Sai sót về thuế có thể xuất hiện ở hầu hết các doanh nghiệp, kể cả doanh nghiệp có đội ngũ kế toán nhiều kinh nghiệm. Nguyên nhân chủ yếu đến từ việc chưa cập nhật kịp thời quy định pháp luật mới, lưu trữ chứng từ chưa đầy đủ hoặc thực hiện kê khai chưa đúng bản chất nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
Hiện nay, các sai sót thường tập trung ở 3 nhóm thuế chính gồm thuế GTGT, thuế TNDN và thuế TNCN.
Sai sót thường gặp về thuế GTGT
Sai sót về thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
Một trong những lỗi phổ biến nhất hiện nay là doanh nghiệp kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên nhưng không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định mới tại Luật Thuế GTGT 2024 và các văn bản hướng dẫn có hiệu lực từ ngày 01-07-2025.
Nhiều doanh nghiệp vẫn nhầm rằng việc nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán được xem là thanh toán hợp lệ. Tuy nhiên, trường hợp này không đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào và cũng không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN.
Ngoài ra, nhiều kế toán vẫn kê khai khấu trừ đối với các khoản chi không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh như:
- Chi phí du lịch, nghỉ mát từ quỹ phúc lợi.
- Chi phí cá nhân của chủ doanh nghiệp.
- Khoản chi không liên quan đến doanh thu chịu thuế.
Một sai sót khác thường bị cơ quan thuế kiểm tra kỹ là việc không phân bổ đúng thuế GTGT đầu vào dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT. Theo quy định, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế tương ứng với hoạt động chịu thuế.
Bên cạnh đó, doanh nghiệp cũng dễ gặp rủi ro khi sử dụng hóa đơn đầu vào đã bị điều chỉnh, thay thế hoặc hủy mà không kiểm tra lại trạng thái hóa đơn trên hệ thống hóa đơn điện tử của cơ quan thuế.
Sai sót về thuế GTGT đầu ra
Từ năm 2025, quy định về thuế suất GTGT có nhiều thay đổi khiến việc áp dụng sai thuế suất trở thành lỗi phổ biến.
Hiện nay có 3 mức thuế suất GTGT gồm 0%, 5% và 10%. Đồng thời, theo Nghị định 174/2025/NĐ-CP, nhiều nhóm hàng hóa, dịch vụ được giảm từ 10% xuống còn 8% đến hết ngày 31-12-2026. Tuy nhiên không phải tất cả ngành nghề đều được giảm thuế suất, dẫn đến tình trạng nhiều doanh nghiệp áp dụng nhầm mức thuế.
Ngoài sai thuế suất, việc xác định sai thời điểm xuất hóa đơn cũng là nguyên nhân khiến doanh nghiệp bị truy thu và xử phạt. Đặc biệt trong lĩnh vực xây dựng, lắp đặt hoặc cung cấp dịch vụ, kế toán thường xuất hóa đơn không đúng thời điểm nghiệm thu hoặc hoàn thành dịch vụ theo quy định.
Sai sót thường gặp về thuế TNDN
Sai sót về doanh thu tính thuế
Nhiều doanh nghiệp xác định thiếu doanh thu tính thuế hoặc ghi nhận sai niên độ kế toán, đặc biệt với các khoản:
- Doanh thu chưa thu tiền;
- Khoản phụ thu, phụ trội;
- Lãi tiền gửi ngân hàng;
- Thu nhập từ xử lý công nợ;
- Tiền phạt, tiền bồi thường.
Ngoài ra, doanh thu không hợp lý cũng là vấn đề thường bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình. Ví dụ, doanh nghiệp kinh doanh bán lẻ nhưng tỷ lệ khách hàng không lấy hóa đơn quá thấp hoặc doanh thu tiền mặt không tương xứng với quy mô hoạt động thực tế.
Sai sót về chi phí được trừ
Đây là nhóm sai sót khiến nhiều doanh nghiệp bị loại chi phí khi quyết toán thuế.
Một số lỗi phổ biến gồm:
| Sai sót | Rủi ro thường gặp |
| Không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt | Không được tính chi phí hợp lý |
| Hóa đơn không hợp pháp hoặc đã bị thay thế | Bị loại chi phí và truy thu thuế |
| Khấu hao tài sản cố định sai quy định | Điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế |
| Chi phí lương thưởng không có quy chế | Không được chấp nhận chi phí |
| Chi vượt định mức tiêu hao | Bị loại phần vượt mức |
| Hạch toán chi phí lãi vay không hợp lý | Có thể bị cơ quan thuế ấn định điều chỉnh |
Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp còn gặp sai sót khi sử dụng bảng kê mua hàng không có hóa đơn nhưng không kèm chứng từ thanh toán hoặc hồ sơ chứng minh đầy đủ theo quy định.
Sai sót khi áp dụng ưu đãi thuế TNDN
Việc miễn giảm thuế TNDN hiện nay phải đáp ứng đúng điều kiện về ngành nghề, địa bàn và thời gian ưu đãi.
Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp vẫn:
- Không hạch toán riêng doanh thu được ưu đãi;
- Chuyển lỗ sai thời hạn;
- Áp dụng ưu đãi không đúng địa bàn;
- Không có hồ sơ chứng minh điều kiện hưởng ưu đãi.
Khi không tách riêng được phần thu nhập ưu đãi, toàn bộ khoản thu nhập có thể không được hưởng chính sách miễn giảm thuế.
Sai sót thường gặp về thuế TNCN
Thuế TNCN là nội dung thường phát sinh sai sót do doanh nghiệp chưa phân biệt rõ từng loại hợp đồng lao động và đối tượng khấu trừ thuế.
Nhiều doanh nghiệp ký hợp đồng cộng tác viên, hợp đồng dịch vụ hoặc hợp đồng dưới 3 tháng nhưng không thực hiện khấu trừ 10% thuế TNCN khi chi trả thu nhập từ 2 triệu đồng/lần trở lên.
Ngoài ra, kế toán cũng dễ nhầm lẫn giữa:
- Hợp đồng lao động từ 3 tháng trở lên áp dụng biểu thuế lũy tiến.
- Hợp đồng thời vụ hoặc dịch vụ phải khấu trừ 10%.
Một lỗi khác khá phổ biến là không lưu đầy đủ cam kết miễn khấu trừ thuế TNCN theo mẫu quy định đối với cá nhân đủ điều kiện.
Kỹ năng chuẩn bị trước khi thanh tra, kiểm tra thuế
Rà soát toàn bộ tờ khai thuế
Doanh nghiệp cần kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ khai thuế đã nộp theo từng kỳ để đảm bảo:
- Không thiếu tờ khai;
- Không nộp sai thời hạn;
- Hồ sơ đã được cơ quan thuế chấp nhận;
- Số liệu giữa tờ khai và sổ sách khớp nhau.
Đồng thời cần đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử với hệ thống của cơ quan thuế để phát hiện sớm hóa đơn có dấu hiệu rủi ro hoặc đã bị thay thế.
Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ kế toán
Một bộ hồ sơ kế toán đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn khi giải trình với cơ quan thuế.
Các chứng từ cần chuẩn bị gồm:
- Sổ sách kế toán;
- Hóa đơn đầu vào, đầu ra;
- Phiếu thu, phiếu chi;
- Sao kê ngân hàng;
- Hợp đồng kinh tế;
- Hồ sơ lao động, bảng lương;
- Hồ sơ tài sản cố định;
- Hồ sơ vay vốn;
- Quy chế tài chính, quy chế lương thưởng.
Doanh nghiệp nên phân loại chứng từ theo từng năm, từng sắc thuế và từng nghiệp vụ để thuận tiện tra cứu.
Kỹ năng làm việc trong quá trình thanh tra thuế
Trong quá trình thanh tra, doanh nghiệp cần chủ động phối hợp và giải trình đúng trọng tâm.
Một số kỹ năng quan trọng gồm:
| Kỹ năng | Ý nghĩa |
| Nắm rõ hồ sơ đã cung cấp | Tránh giải trình sai lệch |
| Phân công đầu mối làm việc | Đảm bảo thông tin thống nhất |
| Giải trình theo đúng quy định pháp luật tại thời điểm phát sinh | Hạn chế áp dụng sai văn bản |
| Lưu lại toàn bộ biên bản làm việc | Phục vụ đối chiếu về sau |
| Chủ động rà soát sai sót trước khi đoàn thuế phát hiện | Giảm mức độ rủi ro xử phạt |
Đặc biệt, với các kỳ thanh tra kéo dài nhiều năm, doanh nghiệp cần chú ý áp dụng đúng quy định pháp luật theo từng thời kỳ phát sinh nghiệp vụ.
Doanh nghiệp cần làm gì sau khi kết thúc thanh kiểm tra thuế?
Sau khi có kết luận thanh tra, doanh nghiệp cần nhanh chóng:
- Điều chỉnh số liệu kế toán và kê khai thuế;
- Nộp đầy đủ số thuế truy thu, tiền phạt, tiền chậm nộp;
- Rà soát nguyên nhân sai sót;
- Hoàn thiện quy trình kiểm soát nội bộ;
- Đào tạo lại bộ phận kế toán và tài chính.
Đây cũng là thời điểm doanh nghiệp nên đánh giá lại toàn bộ quy trình quản lý hóa đơn, chứng từ và dữ liệu kế toán để giảm rủi ro trong các kỳ quyết toán tiếp theo.
Giải pháp hạn chế sai sót khi thanh kiểm tra thuế
Trong bối cảnh chính sách thuế thay đổi liên tục, việc quản lý thủ công bằng Excel khiến doanh nghiệp dễ gặp rủi ro về đối chiếu dữ liệu, lưu trữ chứng từ và kiểm soát hóa đơn.
Sử dụng phần mềm kế toán giúp doanh nghiệp:
- Theo dõi dữ liệu kế toán tập trung.
- Đối chiếu hóa đơn nhanh chóng.
- Kiểm soát chứng từ thanh toán.
- Tự động tổng hợp báo cáo thuế.
- Giảm sai sót khi kê khai và quyết toán.
Các phần mềm kế toán của FAST như Fast Accounting Online hay phần mềm ERP Fast Business Online hỗ trợ doanh nghiệp chuẩn hóa dữ liệu kế toán – thuế, tăng khả năng kiểm soát chứng từ và hỗ trợ làm việc hiệu quả hơn trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.
Thanh tra, kiểm tra thuế là hoạt động mà hầu hết doanh nghiệp đều sẽ phải trải qua trong quá trình hoạt động. Việc hiểu rõ các sai sót thường gặp và chủ động chuẩn bị hồ sơ, chứng từ đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro truy thu, xử phạt và giảm áp lực khi làm việc với cơ quan thuế.
Đối với bộ phận kế toán, việc thường xuyên cập nhật chính sách thuế mới kết hợp sử dụng phần mềm kế toán phù hợp sẽ giúp nâng cao hiệu quả quản lý dữ liệu, giảm sai sót và tăng tính chủ động trong công tác quyết toán thuế.