Quyết định 1161/QĐ-CT năm 2026 ban hành Quy trình kiểm tra thuế mới, trong đó quy định rõ các trường hợp cơ quan thuế được thực hiện kiểm tra đột xuất tại trụ sở người nộp thuế mà không cần đưa vào kế hoạch kiểm tra hằng năm.
Đây là những trường hợp phát sinh theo yêu cầu quản lý thuế hoặc có dấu hiệu rủi ro cần kiểm tra ngay.
7 trường hợp doanh nghiệp bị kiểm tra đột xuất theo Quyết định 1161/QĐ-CT
Theo Điều 12 Quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm Quyết định 1161/QĐ-CT năm 2026, doanh nghiệp có thể bị kiểm tra đột xuất trong 7 trường hợp sau:
1. Kiểm tra để giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế
Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra khi có yêu cầu giải quyết khiếu nại hoặc tố cáo liên quan đến việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.
2. Kiểm tra theo chỉ đạo của cơ quan có thẩm quyền
Kiểm tra được thực hiện theo:
- Chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế.
- Chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên.
- Yêu cầu hoặc đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền theo quy định.
3. Kiểm tra doanh nghiệp có rủi ro cao khi thay đổi tổ chức hoặc hoạt động
Doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao trong các trường hợp sau có thể bị kiểm tra đột xuất:
- Chia doanh nghiệp.
- Tách doanh nghiệp.
- Sáp nhập doanh nghiệp.
- Hợp nhất doanh nghiệp.
- Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
- Phá sản.
- Giải thể.
- Chấm dứt hoạt động.
- Cổ phần hóa.
- Chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
- Chuyển địa điểm kinh doanh.
4. Kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế
Nếu cơ quan thuế thu thập được thông tin, tài liệu hoặc có căn cứ xác định người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế thì được thực hiện kiểm tra đột xuất.
5. Kiểm tra hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của người nộp thuế rủi ro cao
Các hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của người nộp thuế có mức độ rủi ro cao sẽ thuộc diện kiểm tra trước khi cơ quan thuế quyết định xử lý.
6. Kiểm tra trước hoàn thuế
Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước khi giải quyết hoàn thuế đối với các trường hợp thuộc diện kiểm tra theo quy định.
7. Kiểm tra theo đề xuất sau khi kiểm tra tại cơ quan thuế
Sau quá trình kiểm tra hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế, nếu phát hiện dấu hiệu cần xác minh thực tế thì cơ quan thuế có thể đề xuất kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế mà không cần đưa vào kế hoạch năm.
Doanh nghiệp có bắt buộc nằm trong kế hoạch kiểm tra mới bị kiểm tra không?
Không. Bảy trường hợp nêu trên là các trường hợp kiểm tra đột xuất, được thực hiện ngoài kế hoạch kiểm tra hằng năm.
Điều này có nghĩa doanh nghiệp vẫn có thể bị kiểm tra nếu thuộc một trong các trường hợp theo Điều 12 Quyết định 1161/QĐ-CT, dù không có tên trong kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt.
Kiểm tra thuế phát hiện khai thiếu tiền thuế có phải nộp tiền chậm nộp không?
Có. Theo điểm c khoản 1 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế phải nộp tiền chậm nộp khi cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện:
- Khai thiếu số tiền thuế phải nộp.
- Khai thiếu các khoản thu khác phải nộp.
- Số tiền thuế đã được hoàn, miễn, giảm hoặc không thu lớn hơn số tiền được hưởng theo quy định.
Như vậy, khi kiểm tra thuế phát hiện doanh nghiệp kê khai thiếu số tiền thuế phải nộp thì ngoài việc nộp đủ số thuế còn thiếu, doanh nghiệp còn phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.
Mức tiền chậm nộp hiện nay là bao nhiêu?
Theo Luật Quản lý thuế 2025, tiền chậm nộp được tính với mức: 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp.
Tiền chậm nộp được tính từ ngày phát sinh nghĩa vụ nộp thuế đến ngày người nộp thuế thực tế nộp đủ số tiền vào ngân sách nhà nước theo quy định.
Quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định việc áp dụng quản lý rủi ro khi xây dựng kế hoạch kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
Nguyên tắc lựa chọn doanh nghiệp để kiểm tra
Theo Điều 17 Thông tư 94/2026/TT-BTC:
- Ít nhất 90% số doanh nghiệp trong kế hoạch kiểm tra được lựa chọn dựa trên kết quả phân tích, đánh giá mức độ tuân thủ và mức độ rủi ro.
- Không quá 10% số trường hợp được lựa chọn ngẫu nhiên.
Đây là nguyên tắc chung trong việc xây dựng kế hoạch kiểm tra hằng năm.
Cơ quan thuế lựa chọn doanh nghiệp theo mức độ rủi ro
Căn cứ danh sách người nộp thuế được phân loại theo mức độ rủi ro, cơ quan thuế sẽ:
- Lựa chọn doanh nghiệp có mức rủi ro từ cao xuống thấp.
- Bảo đảm không chồng chéo với các hoạt động thanh tra, kiểm tra khác theo Luật Quản lý thuế 2025 và các quy định liên quan.
Cơ quan thuế có thể điều chỉnh kế hoạch kiểm tra
Trong quá trình quản lý thuế:
- Nếu có thông tin đáng tin cậy cho thấy doanh nghiệp có mức rủi ro thấp, cơ quan thuế có thể đưa doanh nghiệp ra khỏi kế hoạch kiểm tra.
- Nếu phát hiện dấu hiệu rủi ro cao sau khi lập kế hoạch, cơ quan thuế có thể bổ sung doanh nghiệp vào kế hoạch kiểm tra.
Cơ quan thuế chịu trách nhiệm đối với các quyết định điều chỉnh này.
Xác định nội dung và phạm vi kiểm tra dựa trên phân tích rủi ro
Theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, cơ quan thuế sử dụng:
- Kết quả phân tích rủi ro từ ứng dụng công nghệ thông tin.
- Phân tích nghiệp vụ thuế.
- Thông tin thu thập từ thực tế quản lý thuế.
Trên cơ sở đó, cơ quan thuế xác định đối tượng kiểm tra, nội dung kiểm tra, phạm vi và thời gian kiểm tra phù hợp với mức độ rủi ro của từng người nộp thuế.
Doanh nghiệp cần lưu ý gì?
Quyết định 1161/QĐ-CT và Thông tư 94/2026/TT-BTC đều áp dụng phương pháp quản lý rủi ro trong công tác kiểm tra thuế. Doanh nghiệp không chỉ cần quan tâm đến kế hoạch kiểm tra hằng năm mà còn cần lưu ý các trường hợp có thể bị kiểm tra đột xuất khi phát sinh dấu hiệu rủi ro, hoàn thuế, miễn giảm thuế hoặc thay đổi tổ chức doanh nghiệp.
Đồng thời, nếu cơ quan thuế kiểm tra và phát hiện doanh nghiệp kê khai thiếu số thuế phải nộp thì doanh nghiệp sẽ phải nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp với mức 0,03%/ngày theo Luật Quản lý thuế 2025.