Thanh tra, kiểm tra thuế là hoạt động được cơ quan thuế thực hiện định kỳ nhằm đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật thuế của doanh nghiệp, đồng thời phát hiện và xử lý các hành vi kê khai sai, trốn thuế hoặc gian lận thuế. Trong bối cảnh cơ quan quản lý ngày càng đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin và quản lý rủi ro, doanh nghiệp cần chủ động rà soát hồ sơ, chứng từ và nắm rõ quy trình làm việc với cơ quan thuế để hạn chế các rủi ro phát sinh.
Bài viết dưới đây sẽ tổng hợp chi tiết quy định mới nhất về thanh kiểm tra thuế, các trường hợp bị kiểm tra, quy trình thực hiện cũng như những lưu ý quan trọng doanh nghiệp cần chuẩn bị trước khi cơ quan thuế làm việc.
Quy định và nội dung kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
Theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023 về Quy trình kiểm tra thuế, hằng năm cơ quan thuế sẽ xây dựng kế hoạch kiểm tra tại doanh nghiệp dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin.
Việc lập kế hoạch kiểm tra được thực hiện theo các mốc thời gian như sau:
- Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn xây dựng kế hoạch kiểm tra trước ngày 15/10 hằng năm.
- Cục Thuế địa phương ban hành hướng dẫn cụ thể trước ngày 01-11.
- Cơ quan thuế thực hiện phân tích dữ liệu, đánh giá rủi ro và lựa chọn doanh nghiệp kiểm tra theo quy định tại Thông tư 31/2021/TT-BTC.
Trong đó:
- Tối thiểu 90% số doanh nghiệp thuộc kế hoạch kiểm tra được lựa chọn trên cơ sở phân tích rủi ro.
- Tối đa 10% được lựa chọn ngẫu nhiên.
Toàn bộ quá trình lập kế hoạch được hỗ trợ bởi các hệ thống quản lý dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin nhằm nâng cao hiệu quả quản lý thuế.
Các trường hợp doanh nghiệp có thể bị kiểm tra thuế
Theo Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ ngày 01-07-2026, cơ quan thuế được thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp sau:
- Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
- Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra sau hoàn.
- Người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế.
- Doanh nghiệp nằm trong kế hoạch hoặc chuyên đề kiểm tra.
- Trường hợp có yêu cầu từ cơ quan có thẩm quyền.
- Doanh nghiệp có mức độ rủi ro cao.
- Doanh nghiệp chia, tách, sáp nhập, giải thể, phá sản hoặc chuyển đổi loại hình.
- Hồ sơ miễn, giảm thuế có rủi ro cao.
- Kiểm tra phục vụ giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
Ngoài ra, cơ quan hải quan cũng có quyền thực hiện kiểm tra thuế đối với hoạt động xuất nhập khẩu và kiểm tra sau thông quan theo quy định pháp luật hải quan.
Lưu ý về tần suất kiểm tra
Đối với các trường hợp thuộc kế hoạch hoặc chuyên đề kiểm tra, cơ quan thuế chỉ được kiểm tra tại doanh nghiệp tối đa 01 lần trong năm, trừ trường hợp kiểm tra lại theo quy định đặc biệt.
Thời hạn kiểm tra thuế
Tùy theo tính chất hồ sơ và quy mô doanh nghiệp, thời gian kiểm tra thuế sẽ khác nhau.
Thời hạn thông thường
- Không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra.
- Được gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.
Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết
- Thời hạn kiểm tra tối đa 40 ngày.
- Có thể gia hạn thêm tối đa 40 ngày.
Trường hợp cần trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài
Thời gian kiểm tra có thể kéo dài nhưng không vượt quá 02 năm.
Lưu ý: Thời gian tạm dừng kiểm tra không tính vào thời hạn kiểm tra.
Quy trình kiểm tra thuế tại doanh nghiệp
Theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện theo các bước sau:
Bước 1: Ban hành quyết định kiểm tra
Cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra đối với doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra theo quy định.
Quyết định kiểm tra phải nêu rõ:
- Nội dung kiểm tra;
- Thời kỳ kiểm tra;
- Thành phần đoàn kiểm tra;
- Thời hạn kiểm tra.
Bước 2: Công bố quyết định và tiến hành kiểm tra
Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định, đoàn kiểm tra phải tiến hành công bố quyết định tại doanh nghiệp.
Khi làm việc, Trưởng đoàn kiểm tra sẽ:
- Công bố quyết định kiểm tra;
- Giải thích nội dung kiểm tra;
- Lập biên bản công bố quyết định.
Bước 3: Hoãn hoặc tạm dừng kiểm tra
Doanh nghiệp có quyền đề nghị hoãn kiểm tra nếu có lý do chính đáng.
Trong trường hợp phát sinh sự kiện bất khả kháng khiến việc kiểm tra không thể tiếp tục, cơ quan thuế có thể ra quyết định tạm dừng kiểm tra.
Bước 4: Điều chỉnh quyết định kiểm tra
Trong quá trình làm việc, cơ quan thuế có thể điều chỉnh: thành viên đoàn kiểm tra; nội dung kiểm tra; thời kỳ kiểm tra; phạm vi kiểm tra nếu phát sinh yêu cầu thực tế.
Bước 5: Lập biên bản kiểm tra thuế
Sau khi kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra lập dự thảo biên bản để doanh nghiệp giải trình hoặc bổ sung ý kiến.
Trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra:
- Hai bên phải hoàn thiện và ký biên bản.
- Biên bản phải có đầy đủ chữ ký theo quy định.
Nếu doanh nghiệp không ký biên bản đúng thời hạn, cơ quan thuế có thể lập biên bản vi phạm hành chính.
Bước 6: Xử lý kết quả kiểm tra
Sau khi ký biên bản:
- Nếu phát sinh sai phạm, cơ quan thuế ban hành quyết định xử lý hoặc xử phạt.
- Nếu không phát sinh truy thu, cơ quan thuế ban hành kết luận kiểm tra.
Trường hợp có dấu hiệu trốn thuế hoặc gian lận thuế, hồ sơ có thể được chuyển sang thanh tra hoặc cơ quan điều tra.
Bước 7: Ghi nhận nhật ký kiểm tra điện tử
Toàn bộ quá trình kiểm tra được lưu trữ trên hệ thống nhật ký điện tử của cơ quan thuế.
Quy định kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế
Ngoài việc kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp, cơ quan thuế còn thực hiện kiểm tra hồ sơ ngay tại cơ quan quản lý thuế thông qua dữ liệu điện tử và hồ sơ kê khai.
Các trường hợp kiểm tra tại cơ quan thuế
Theo Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế được kiểm tra hồ sơ dựa trên:
- Hồ sơ khai thuế;
- Cơ sở dữ liệu ngành thuế;
- Hệ thống thông tin quản lý thuế.
Trong quá trình kiểm tra, cơ quan thuế có thể:
- Yêu cầu giải trình;
- Yêu cầu bổ sung hồ sơ;
- Ấn định thuế;
- Chuyển sang kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp nếu cần.
Quy trình kiểm tra hồ sơ thuế
Kiểm tra theo quản lý rủi ro
Toàn bộ hồ sơ thuế đều được kiểm tra theo cơ chế quản lý rủi ro kết hợp ứng dụng công nghệ thông tin.
Cơ quan thuế sẽ:
- Đối chiếu dữ liệu kê khai;
- So sánh biến động doanh thu, chi phí;
- Phân tích ngành nghề;
- Đánh giá mức độ tuân thủ.
Lập kế hoạch kiểm tra hồ sơ
Cơ quan thuế lựa chọn doanh nghiệp kiểm tra thông qua:
- Hệ thống chấm điểm rủi ro;
- Dữ liệu quản lý thực tế;
- Dấu hiệu kê khai bất thường.
Danh sách kiểm tra phải đảm bảo không trùng lặp với kế hoạch thanh tra, kiểm tra khác.
Quy trình giải trình
Khi phát hiện rủi ro, cơ quan thuế sẽ gửi Thông báo lần 1 yêu cầu doanh nghiệp giải trình.
Doanh nghiệp có tối đa 10 ngày làm việc để:
- Giải trình trực tiếp;
- Gửi hồ sơ điện tử;
- Bổ sung tài liệu chứng minh.
Nếu giải trình chưa đầy đủ, cơ quan thuế tiếp tục gửi Thông báo lần 2.
Lưu ý: Cơ quan thuế chỉ được yêu cầu giải trình tối đa 02 lần.
Nguyên tắc kiểm tra thuế từ ngày 01-07-2026
Theo Luật Quản lý thuế 2025, hoạt động kiểm tra thuế phải tuân thủ các nguyên tắc:
- Áp dụng quản lý rủi ro và công nghệ thông tin.
- Ưu tiên kiểm tra trực tuyến, kiểm tra từ xa.
- Không gây cản trở hoạt động sản xuất kinh doanh.
- Không kiểm tra chồng chéo với cơ quan khác.
- Đảm bảo đánh giá đúng bản chất giao dịch và nghĩa vụ thuế.
Đối với giao dịch liên kết, cơ quan thuế sẽ đánh giá dựa trên nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất kinh tế thực tế.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thanh tra, kiểm tra thuế?
Việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và rà soát số liệu trước khi cơ quan thuế làm việc là yếu tố quan trọng giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro bị truy thu hoặc xử phạt.
Rà soát hồ sơ kế toán và báo cáo tài chính
Doanh nghiệp cần kiểm tra: sổ cái; sổ chi tiết; báo cáo tài chính; bảng cân đối phát sinh; chứng từ kế toán; hợp đồng kinh tế, đảm bảo toàn bộ số liệu khớp đúng và đầy đủ.
Đối chiếu tờ khai thuế
Cần rà soát: thuế gtgt; thuế tndn; thuế tncn; thuế nhà thầu; các loại thuế chuyên ngành khác
để đảm bảo số liệu kê khai phù hợp với chứng từ và sổ sách kế toán.
Kiểm tra hóa đơn và thanh toán không dùng tiền mặt
Từ ngày 01-07-2025, ngưỡng bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT giảm từ 20 triệu đồng xuống còn 5 triệu đồng.
Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý:
- Hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
- Kiểm tra trạng thái hóa đơn đầu vào trên hệ thống thuế.
- Rà soát nhà cung cấp có rủi ro về hóa đơn hay không.
Chuẩn bị hồ sơ pháp lý doanh nghiệp
Bao gồm:
- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp;
- Điều lệ công ty;
- Quyết định bổ nhiệm;
- Giấy phép ngành nghề có điều kiện.
Rà soát các khoản chi phí trọng yếu
Các khoản thường bị cơ quan thuế kiểm tra gồm:
- Chi phí lương;
- Chi phí khấu hao;
- Chi phí nguyên vật liệu;
- Chi phí quảng cáo;
- Chi phí dịch vụ mua ngoài;
- Chi phí lãi vay.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh tính hợp lệ của các khoản chi này.
Chủ động xử lý sai sót trước khi bị kiểm tra
Nếu phát hiện kê khai sai, doanh nghiệp nên chủ động khai bổ sung và nộp phần thuế còn thiếu trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra để giảm nhẹ mức xử phạt.
Lưu ý với doanh nghiệp có giao dịch liên kết
Doanh nghiệp cần chuẩn bị:
- Hồ sơ giao dịch liên kết;
- Phụ lục kê khai theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP;
- Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.
Đồng thời kiểm tra giới hạn chi phí lãi vay theo quy định hiện hành.
Việc hiểu rõ quy định về thanh kiểm tra thuế sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong công tác quản trị tài chính, kế toán và tuân thủ pháp luật thuế. Trong bối cảnh cơ quan thuế tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin và quản lý dữ liệu điện tử, doanh nghiệp cần thường xuyên rà soát hồ sơ, chuẩn hóa chứng từ và cập nhật kịp thời các quy định mới để hạn chế tối đa rủi ro bị truy thu hoặc xử phạt khi thanh tra, kiểm tra thuế.